種植蜜桔中，經常會遇見如下病蟲害：
1、腳腐病：
其主要是對作物的根部造成。在溫度高濕度大，排水不暢通以及樹皮受損傷的條件下極易發生，在6到9月是發生病害的高峰期。
防治方法：將根頸部的土壤給挖開，可以使用枳苗來進行橋接換砧，增強土壤管理，注意給果園排水工作；或是對感染病害初期把感染病部使用鋒銳小刀將病部刮除，之后再其上涂抹“843”康復劑或是井崗霉素。
2、炭疽病：
主要是危害作物葉片、枝梢以及果實。該病主要發生在5月。
防治方法：在5月噴施五十甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍或是五十的退菌特500倍液連續噴施二到三次。是使用綠亨6號1000倍或是諾爾毒克加喜縫春噴灑。
3、紅蜘蛛、黃蜘蛛：
主要危害嫩枝嫩葉空幼果。
防治方法：保護利用好天敵，柑桔紅蜘蛛、黃蜘蛛的天敵有很多種，如有食螨甲、蜘蛛、捕食螨、草嶺及薊馬等，這些種類的天敵食量大、發生期較長，對于螨類有著比較大的抑制效果。在修剪時將蟲口密度大的枝葉給剪除清理掉。
4、潛葉蛾：
主要是危害夏、秋兩次梢。
防治方法：在7月下旬或是8月初，當夏、秋梢抽發到5厘米、梢抽發率在二十以上時開始噴灑次藥，之后每間隔7到10天，連續7到10天。