芝麻莖枯病又稱芝麻莖點枯病、芝麻黑根瘋等，病菌為不完全亞門真菌，主要為害芝麻莖桿、根部及幼苗。苗期發病，病苗地上部萎蔫枯死，根部變褐死亡。高溫、高濕、多雨有利于病害發生流行，偏施氮肥、種植過密和連作地為害加重。
防治措施：
1、選用抗病品種，播種前用55℃溫水浸種10分鐘或60℃溫水浸種5分鐘，晾干后播種。
2、農業防治。芝麻土傳病蟲害嚴重，忌連作，可與棉花、甘薯及禾本科作物實行3-5年輪作，能較好控制病害發生流行。芝麻收割后及時田間病殘體，集中燒毀或深埋以減少越冬菌源。及時拔除病株，帶出田外銷毀。加強肥水管理，增施基肥，基肥以中遲效有機肥為主，并混施磷、鉀肥、苗期不施或少施氮肥，培育健苗，使病菌不易侵入。采用高畦栽培，及時清溝排水，防止田間有積水，降低田間濕度。
3、藥劑防治。藥劑防治要掌握在病害發生前噴藥保護，或發病初期用藥。防治藥劑有37%枯萎立克可濕性粉劑800倍液，40%多菌靈懸浮劑700倍液，50%甲基托布津可濕性粉劑800-1000倍液，80%硫酸銅可濕性粉劑800倍液等。