有機肥料在使用在土壤中時確實有著這樣的優點，其實不只這一點，有機肥料還有著更多的優點的優點：含有豐富的有機質和各種養分，它不僅可以為作物直接提供養分，而且可以活化土壤中的潛在養分，增強微生物活性，促進物質轉化。施用有機肥料，還能改善土壤的理化性狀，提高土壤肥力，防治土壤污染，這是化肥所不具備的。從粉利用有機肥源，科學積制、合理施用，既能使農業廢氣物再度利用，減少化肥投入，保護農村環境，創造良好的農業生態系統，又可以達到培肥土壤，穩產高產，增產增收的目的。
有機肥料也有不少缺點，如養分含量低，肥效緩慢，肥料中的養分當季利用率等。有機肥料施肥數量大，運輸和施用耗費勞力多。在作物生長旺盛，需肥較多的時期，有機肥料往往不能及時滿足作物對養分的需求。
單獨施用有機肥料，或單獨施用化肥，都不符合目前的國情。實踐表明，具有多種功能的有機肥料，與養分含量高、性的化學肥料配合施用，則可以互相取長補短，發揮肥效。既能為作物高產、穩產提供充足繁榮養分，又能夠培肥土壤，為作物創造良好的環境條件，還可以節省農業投資，取得較好的經濟效益和社會效益。