多菌靈農藥是人們常用殺菌劑，在給農作物使用殺菌劑時要注意不能隨便與其它農藥混用。
多菌靈可與一般殺菌劑混用，但與殺蟲劑、殺螨劑混用時要隨混隨用，不宜與堿性藥劑混用。長期單一使用多菌靈易使病菌產生抗藥性，應與其他殺菌劑輪換使用或混合使用。作土壤處理時，有時會被土壤微生物分解，降低藥效。如土壤處理效果不理想，可改用其他使用方法。間隔期15天。
多菌靈對毛霉、根霉的防治效果較差，在使用多菌靈時應適當提高培養料的PH值，以抑制毛霉、根霉的生長。由于多菌靈耐高濕，使用時將培養料進行發酵、高溫處理，以殺滅霉菌。銀耳、木耳、猴頭菇對多菌靈特別敏感，要避免使用。
多菌靈農藥使用時要注意須遵守農藥使用防護規程，做好個人防護；為延緩病菌抗藥性，應與其他殺菌劑交替使用。