在對菇類大棚進行消毒的時間，切忌不要因為消毒而增添新的毒素，對于這類的食用菌，我們需要健康驅毒。
對于基地型生產，我們一直強調這個“環境”的改善問題，在無法做到大面積治理的條件下，在基地內可強化消毒殺菌措施，對栽培棚外包括操作場地周邊，清理衛生，對廄廁、垃圾等需嚴格清理，尤其要清理污染菌袋以及菌糠廢料等，并噴灑高濃度多菌靈、辛硫磷混合液等進行殺菌殺蟲，環境差者應連續用藥兩次。
新菇棚的消毒處理棚內可使用百病去無蹤、辛硫磷等，一般用量為1袋百病去無蹤配50克辛硫磷，噴30平方米左右，用藥目標為地面、墻體以及立柱等，要求地毯式噴灑，然后密封菇棚，卷起草苫曬棚，密封2天后即可進袋發菌或出菇;發菌和出菇期間的預防用藥，可每5天左右噴灑一次蘑菇殺病靈或百病去無蹤，但注意不要直噴子實體。
舊菇棚的消毒處理連續使用多年的菇棚，棚內不可避免地存有相當數量的雜菌和病原菌孢子以及害蟲，因此，進行消毒處理非常必要。一般可按1袋百病去無蹤配40克辛硫磷，地毯式噴灑20平方米左右，然后密封菇棚，卷起草苫曬棚，密封2天后，再次用藥并繼續密閉曬棚，2～7天后，方可進袋發菌。
在氣候潮濕多雨，尤其早秋栽培蘑菇，氣溫較高，更要做好消毒工作。對蘑菇生產來說，也是一個值得注意的信號，因此，建議8～10月份進行栽培的菇農，在處理菇棚前，先將棚中灌入大水，待水下滲后，參照上述進行消毒，然后，在菌袋入棚前，在棚內按每平方米0.25公斤用量撒鋪新鮮石灰粉，之后再移入菌袋;可降低棚溫，并限度地抑制某些雜菌病原菌的活性，從而降低病害的發生率。