黑番茄果實生長發育過程中會遇到一些生理性病害。要黑番茄健康成長，就要注意防治黑番茄的生理性病害，這些病害主要有畸形果、空洞果、頂腐病、裂果、筋腐病、日燒病等，下面我們看一些黑番茄常見的生理性病害的防治方法。
首先是畸形果的防治。畸形果在黑番茄花芽分化及發育時期容易發生，即在低溫、多肥、水分及光照充足下，而且在氮素過多的時候，生長點部位營養積累過多，正在發育的花芽細胞分裂過旺，開花后因為各心皮營養不均衡，會導致番茄各心皮的發育程度不同，就會造成多心室的畸形果。為防止畸形果的發生，育苗期間，要控制適量的溫度，溫度不宜控制過低，水分及營養必須調節適宜，不可過多，也不可過少。
同時還要防治空洞果。空洞果的果實果肉不飽滿，胎座組織生長不充實，種子腔是空的。這種果實口感不好，嚴重影響果實的重量和品質。造成這種情況的原因主要有黑番茄生長過程中，使用調節劑濃度過高，造成黑番茄受精不良，同時，大棚溫度過高，陽光不足，或施用氮肥過多，營養生長過旺，果實碳水化合物積累少等也容易形成空洞果，因此要特別注意水肥問題管理。
黑番茄頂腐病，又叫臍腐病，發病癥狀是在果實頂部發生黑褐色的病斑，如果遇到陰雨天氣或空氣濕度大的天氣就會發生腐爛。這是因為果實缺鈣引起的生理病害。果實內缺鈣的原因主要有三個：一方面土壤缺鈣；另一方面土壤干燥或者土壤溶液濃度過高，尤其是鉀、鎂、銨態氮過多，就會影響黑番茄植株對鈣的吸收；還有就是在高溫干燥條件下，水分不足，鈣在植物體內運轉速度緩慢。防治頂腐病，可以多施有機肥，增加鈣含量，控制氮肥、鉀肥、鎂肥的施用，充足的水分。