近年來人們發現一個問題化肥施用后總是會出現這樣那樣的問題，為了不使化肥的施用后引起中藥材的質量受影響，所以近年來提出中藥材的綠色生產，但是哪些肥料能夠起到這個作用呢，那就是由糞尿肥組合而成的農家肥，這種肥料是優質的有機肥，是生產綠色無公害藥材的肥料。
施用前的處理：為了有效地殺滅糞尿肥中的寄生蟲卵和傳染性病菌，必須在施用前進行化處理。通常可采用高溫堆肥法和糞池密閉法。也可采用毒物處理法，即利用對寄生蟲及病菌有毒的物質處理糞尿肥，如每100千克糞肥中加福爾馬林200毫升，封存1天或加50%敵百蟲片2克封存2天，也可加尿素1千克封存3天。有條件的地方可將積肥與沼氣發酵相結合，施用經過轉化后的有機肥、沼渣。沼液肥效高，能取得較好的生態效益和社會效益。
采用溝、穴施肥法:根據藥用植物大小、土壤濕潤狀況，施用腐熟的糞尿肥時需要兌水稀釋，開溝或挖穴澆施，覆蓋泥土，防止肥不流失，提高糞尿肥的利用率。在藥材幼苗期追施糞尿肥，濃度要稀，用量要少，避免燒壞幼苗。此外，人尿中含有較高的食鹽，對忌氯藥用植物，如姜科的黃姜、沙姜、砂仁等不宜施用，以免影響產品質量。
忌用污水稀釋肥：一些藥農認為污水有肥效，喜歡用污水兌糞尿肥澆灌藥材，這樣會造成藥材的嚴重污染。因為污水中含有大量病菌、蟲卵、毒物和重金屬離子，容易誘發病蟲害，造成土壤污染，甚至影響后季作物。因此，不論是工業污水還是生活污水，凡未經化處理，都不能用作藥材地灌溉及肥料兌施用水。
但值得注意的是，如果直接在藥材植株上澆施糞尿肥，也會污染藥材，產生病菌傳播。因此，施用糞尿肥也要得法。