微生物肥料是我國新型肥料的一種，在施用的時候要比一般的肥料如化肥、有機肥等都要嚴格，有特殊的要求，使用時要注意施用條件，選擇適宜于本地區相應作物的微生物肥料，因為微生物肥料中的活菌發揮作用是有條件的，某一種微生物肥料并非適用于所有地區、所有土壤和所有作物。
總之，嚴格按照產品使用說明書使用，否則難以獲得良好的使用效果。施用中應注意以下幾點。
1.微生物肥料對土壤條件要求相對比較嚴格，施入到土壤后，需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后可以發揮作用，見到效果，而且可長期均衡地供給作物營養。
2.微生物肥料適宜施用時間是清晨和傍晚或無雨陰天，可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
3.微生物肥料應避免在高溫干旱條件下使用。施用微生物肥料時要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。要結合蓋土澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。
4.微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的農家肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。
5.微生物肥料應避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物，不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。
6.微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用，因為包裝袋打開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發生改變，影響其使用效果。
7.由于微生物肥料是由活的微生物起決定作用，所以必須在有效期內使用。
目前我國微生物肥料正在進一步發展中，希望大家能夠掌握以上微生物施肥技術，在未來的日子里微生物施肥技術能夠普及到千家萬戶，使農民增加收入。