云南農業大學研究生教育始于1983年。2003年學校增列為博士授權單位。到2013年底有3個一級學科博士學位授權點、11個二級學科博士學位授權點。博士生導師56人；12個一級學科碩士學位授權點、56個二級學科碩士學位授權點，碩士研究生指導教師482人。學校具有農業推廣碩士學位、獸醫碩士學位和工程碩士學位招生權，還有高校教師在職攻讀碩士學位授予權，在職人員以同等學力申請碩士學位審批權和外國留學生招生權；2008年，經教育部批準，我校獲得推薦本科畢業生免試攻讀碩士學位權。目前，培養研究生的學科涉及農學、理學、工學、管理學和法學 5大學科門類。
